Eesti Tsöliaakia Seltsi rahastab projektide alusel Eesti Puuetega Inimeste Fond. 2013. aasta eraldiseks on 4973.00. Keskmiselt 9 % aastasest eelarvest moodustavad liikmemaksud. Raha kasutatakse projektide elluviimiseks ja halduskuludeks.
Panga väljavõtetest on olemas täielik ülevaade seltsi liikmetele Intranetis.